Tales convicciones le obligaron a abandonar París en 1534 y buscar refugio en Basilea (Suiza). 1536 fue un año decisivo en su vida: por un lado, publicó un libro en el cual sistematizaba la doctrina protestante -las instituciones de la religión cristiana-, que alcanzaría enseguida una gran difusión; y por otro, llegó a Ginebra, en donde la creciente comunidad protestante le pidió que se quedara para ser su guía espiritual.
Calvino se instaló en Ginebra, pero sus autoridades le expulsaron de la ciudad en 1538 por el excesivo rigor moral que había tratado de imponer a sus habitantes.
“Un perro ladra cuando su amo es atacado, yo sería un cobarde si es atacada la verdad de Dios y permanezco en silencio” – Juan Calvino
